A kolostor külön nevezetessége, hogy itt található az első feltárt magyar kertművészeti emlék is, a domonkosrendi kolostorkert. A kolostor ugyanis már 1251-ben vízvezetékkel rendelkezett.
Kép forrása: OSZK
Vonzotta a gyógyulni és elmélkedni vágyókat
Egykoron a mai Margitsziget még igen messze volt a lakott helyektől, és csak mint a „magányosság gyógyhelye vonzotta az arra áhítozókat" - olvasható a sziget történetét feldolgozó írásban, ami szerint a sziget enyhe világa, zavartalan csendje jó volt a sínylődőknek s ott gyógyították a messziről odajött betegeket és a maguk lelki szenvedésektől elernyedt szívét.
A háborítatlanság, a csend és a különleges környezet több szerzetes és apácarendnek imponált még árpádházi Margit színre lépése előtt, aki aztán életútjával - talán nem túlzás kijelenteni - megpecsételte nem csak a Margitsziget nevét, de történetének alakulására is jelentős hatással volt, kiváltképp halálát követően, az 1276-os szentté avatási eljárás jegyzőkönyvei ugyanis értékes forrásdokumentumai lettek az utókornak.
Az 1276-os jegyzőkönyvek szövegére épül a Margit-legenda is, ami több változatban készült el. Az egyik magyar fordítását Ráskai Lea készítette el, aki a kolostor lakójaként több kódexet is leírt az 1510-es években.
Alig négy éves volt, amikor az apácák gondjaira bízták
A kicsi, alig 4 éves Margitot, akit szülei a tatárjárás veszedelmében felajánlottak az egyháznak, először a veszprémi ágostonos kolostorban bízták az apácák gondjaira. IV. Béla király később, valószínűleg 1246 után kezdte el építtetni a Nyulak szigetére a kolostort, ahová Margit 1252-ben 17 társával együtt költözött be, bár ekkor még nem voltak teljesen készen az épületek.
A királylányt egész életében mély beleérlésről tanúskodó hite és kitartó elkötelezettség jellemezte; kifejezetten kérte, hogy „természetes személyként" kezeljék, semmilyen megkülönböztetést nem volt hajlandó elfogadni rendtársaitól. Amikor pedig a király politikai indokoktól fűtve több ízben feleségül kívánta adni más uralkodói sarjakhoz, Margit vasakarattal állt ellent a felszólításnak, állhatatos maradt fogadalma mellett - még akkor is, amikor feldühödött apja ellenállásának következményeként minden támogatását megvonta a kolostortól, s ezzel Margit társnőit is magára haragította. 
A Margitszigeti kolostorrom 1957-ben. Fotó: Fortepan.
Mi a közös a kolostor a budai Nagyboldogasszony templom és a budavári domonkos kolostorban?
A művészettörténészek megállapították, hogy a három épület a legszorosabb formai kapcsolatban áll egymással, így a vári és a szigeti domonkos kolostortermplom alaprajza nemcsak formában, hanem méretben is azonos. Ennek csak az lehet a magyarázata, hogy mindhárom építkezést egy központi nagy építőműhely cisztercita iskolázottságú (a kolostoráról híres Tisnovban tanult) mesterei végezték.
A kolostor 13. századi rekonstrukciós rajza. A rajzot Lux Kálmán készítette a kolostor keleti nézetéről, a királyi udvarház nélkül. Kép forrása: egykor.hu
Amit biztosan tudunk, hogy mindhárom épület az 1240-es évek második felében kezdett alakot ölteni. Az is tény, hogy a budai Nagyboldogasszony templomot első építkezési időszakában, 1250 és 1260 között egy ausztriai illetőségű, a cisztercita építészetet jól ismerő kőfaragó-csoport végezte, de az is igaz, hogy míg a szigeti kolostor igen szerény kinézetű volt, addig az építettők iskolázásának helyszínén emelt morvaországi, tisnovi apácakolostor díszes, gazdag kinézetű volt.
A kolostor alaprajza - szintén Lux Géza keze nyomán. Kép forrása: egykor.hu
Mi erősíti mégis a kapcsolatot a szóban forgó épületek és a tisnovi építők között?
A margitszigeti domonkos kolostorról Feuerné Tóth Rózsa írt még 1971-ben részletes tanulmányt, s ebben úgy érvel, hogy a kolostorok közötti hasonlóságokat a budai Nagyboldogasszony templommal kapcsolatos profilanalógiák közvetítik. Ezen túl azt is fontos megemlíteni, hogy az apácatemplom egyenes zárású szentélyalaprajza és a kolostorépület helyiség-elrendezésének logikája is a cisztercita analógiákkal érthető meg legjobban.
A gazdagon díszített tisnovi apácakolostor.
Kép forrása: Nemcsakprága.blogspot.com
Feuerné szerint azért van a díszítésben ekkora különbség, mert a „cisztercita tanultságú mesterek a domonkos szabályzat miatt redukálták díszítőkedvüket". Az alaprajzi elrendezésben a cisztercita építészeti példát követtek, addig a díszítésben, boltozásban alkalmazkodniuk kellett a domonkos rend szigorú építkezési szabályaihoz. Eszerint például a domonkosok kizárólag a templomszentély és a sekrestye boltozását engedélyezték, de ezen túlmenően is számos paramétert megszabtak, úgy mint a helyiségek maximális magassága stb.
A budavári Nagyboldogasszony, avagy Mátyás templom 1870 körül.
Kép forrása: Budapestanno
1259-ből ismert az alapítólevele, az épülete ekkorra már készen állt. IV. Béla a tatárjárás után tett fogadalma - miszerint, ha elkerülik a pusztulást, születendő gyermekét az egyháznak ajánlja - értelmében lánya, Margit lakhelyeként alapította. Ő építtette a szigeten az apácakolostort és a kolostor melletti királyi házat is.
Fotó forrása: http://dka.oszk.hu/html/kepoldal/index.phtml?id=33924
Szent Margit sírjának feltárása a kolostor szentélyében
Napjainkban legtöbbünk számára egyértelmű, hogy Margit sírja a kápolnában található, éppen ott, ahol a sírhelyet vörösmárványkő jelöli. Ez azonban nem volt mindig ennyire egyértelmű. Lux Géza, aki rendkívül sokat dolgozott a kolostor feltárásán még más helyszínre helyezte a királylány sírját, mígnem az 1938-as ásatások során kiderült, hogy Margit sírhelye a kolostor négyszögtől nyugatra feltárt kápolna szentélyében volt.
Molnár József: Árpádházi Szent Margit halála (1857)
A régészeti leleteket a Margit halála után keletkezett jegyzőkönyvek leiratai is megerősítették. Az 1276-os jegyzőkönyveket azért vették fel, hogy alátámasszák a csodatételeket, ám a meghallgatott kortársak mindeközben részletesen beszámolnak a temetésről és sír körüli csodás gyógyulásokról is. Egyértelműen kidetül belőlük, hogy a királyleányt a kolostortemplom szentélyében a Nagyboldogasszony-oltár előtt temették el.
„1272. május 20-án történt gyógyulásakor a sírt háromszor körüljárta" - nyilatkozta például Benedek dáni bognár, amikor csodás gyógyulásáról vallott. Vallomása egyben arra is rámutat, hogy a sír nem lehetett közvetlenül az északi, vagy a déli szentélyfal mellett.
Az ásatások során feltárt sírhelyek. Margit temetkezési helyét a vallomásokon túl egy 1499-es oklevél is bizonyítja, amiben a kolostor apácái engedélyt kapnak arra, hogy évenként tíz alkalommal a szentegyházban meglátogathassák Margit sírját, azzal a kikötéssel, hogy ilyenkor az egyház ajtaja zárassék be.
Mindezen források segítették a kutatókat abban, hogy a szentélyben feltárt sírok közül azonosíthassák Szent Margit sírhelyét; itt ugyanis egyetlen olyan kővel kifalazott sírgödör látott napvilágot, amely nem közvetlenül a fal mellett, hanem a templom tengelyében, tehát körüljárhatóan helyezkedett el. És még valami segítette a régészeket: tudták, hogy a királylány sírjára 1272-ben súlyos vörösmárvány lapot helyeztek, amit csak úgy volt lehetséges, hogy ami kifalazott aláépítményt készítettek alá.
